I messaggi di alert via javascript non sono cambiati molto negli anni e sono rimasti ancora grigi, noiosi e non personalizzabili.

Ci sono però alcuni plugin che permettono di creare delle alternative meno invasive e più flessibili.
Tra quelle che ho visto Sweet Alert è tra le migliori. Permette di creare alert e prompt personalizzati con testi e icone.

E' molto semplice da utilizzare ma allo stesso tempo molto flessibile, permettendo di personalizzare ogni cosa.
Questo ad esempio il codice completo di diverse opzioni:

swal({
    title: "Are you sure?",
    text: "You will not be able to recover this imaginary file!",
    type: "warning",
    showCancelButton: true,
    confirmButtonColor: "#DD6B55",
    confirmButtonText: "Yes, delete it!",
    cancelButtonText: "No, cancel plx!",
    closeOnConfirm: false,
    closeOnCancel: false
}, function(isConfirm) {
    if (isConfirm) {
        swal("Deleted!", "Your imaginary file has been deleted.", "success");
    } else {
        swal("Cancelled", "Your imaginary file is safe :)", "error");
    }
});

Per vederlo in azione e scoprire le varie opzioni il sito è questo: http://tristanedwards.me/sweetalert

Sono nati anche dei fork su GitHub:

• sweetalert2 : https://github.com/limonte/sweetalert2
• la versione per twitter boostrap: https://github.com/lipis/bootstrap-sweetalert

Ci sono ovviamente anche delle alternative, eccone alcune:

• https://alertifyjs.org/
• http://alertifyjs.com/
• http://bitwiser.in/blurt/
• http://smoke-js.com/